SnapGene破解版是一款專業(yè)的分子生物學(xué)軟件,這款軟件為用戶提供了強(qiáng)大的工具和功能,使用戶可以更加便捷的處理,分析和模擬DNA序列信息,還能支持導(dǎo)入已有的DNA序列數(shù)據(jù)并進(jìn)行進(jìn)一步的研究和分析,從而為用戶節(jié)省實(shí)驗(yàn)時(shí)間和成本,有需要的小伙伴就快來(lái)下載體驗(yàn)吧。

SnapGene常用功能

1.1 質(zhì)粒圖譜

以pUC57質(zhì)粒為例，怎樣畫(huà)出其質(zhì)粒圖譜呢?

首先我們?cè)贜CBI上下載pUC57的FASTA序列。打開(kāi)SnapGene，選擇第一個(gè)功能New DNA File，將序列粘貼進(jìn)去后，點(diǎn)擊【OK】。(這里由于是環(huán)狀質(zhì)粒，所以選擇了默認(rèn)的Circular)軟件自動(dòng)識(shí)別除了9個(gè)通用的元件，包括氨芐抗性基因(AmpR)、lac操縱子、復(fù)制起點(diǎn)(ori)等，點(diǎn)擊【Add 9 features】，進(jìn)入SnapGene的主界面。

進(jìn)入主界面后，可以看到上面一排是工具欄，下面是幾個(gè)界面，對(duì)應(yīng)的功能如下：

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1.2 質(zhì)粒圖譜的具體編輯方法

(1)序列標(biāo)注

由于之前打開(kāi)序列文件的時(shí)候，軟件自動(dòng)識(shí)別出了9個(gè)常見(jiàn)的元件，所以也同時(shí)自動(dòng)生成了載體圖譜。而當(dāng)我們點(diǎn)擊Sequece界面時(shí)，也可以看到相應(yīng)的元件已經(jīng)標(biāo)注在序列上了。

當(dāng)然我們也可以自己編輯，雙擊lacZa的文字即可進(jìn)入feature編輯界面，可以編輯序列名稱、方向、范圍以及顏色等信息，編輯完成后點(diǎn)【OK】，Sequence界面就會(huì)出現(xiàn)相應(yīng)的序列注釋信息。

如果我們要新添加一段序列注釋，則選擇相應(yīng)序列，點(diǎn)擊工具欄【Features】—【Addfeature】，同樣會(huì)進(jìn)入Feature編輯界面。

(2)設(shè)計(jì)引物

我們可以直接在序列上添加引物，當(dāng)我們選中一段序列后，軟件會(huì)直接給出序列長(zhǎng)度和Tm值，可以據(jù)此調(diào)整引物序列。

點(diǎn)擊工具欄中的【Primers】—【Add primers】，進(jìn)入引物編輯界面，可設(shè)計(jì)正向或者反向引物，編輯好引物名稱后點(diǎn)擊【Add Primers to Template】，即可在Sequence界面看到編輯好的引物序列。

(3)圖譜導(dǎo)出

單擊工具欄【File】—【Export】—【Map】，即可導(dǎo)出質(zhì)粒圖譜，支持多種格式，包括常見(jiàn)的圖片格式TIFF、PNG等，也可以生成PDF文檔。

2 序列對(duì)比

序列比對(duì)的軟件有很多，SnapGene用于序列比對(duì)的優(yōu)勢(shì)在于其序列是雙向的，比對(duì)時(shí)不用考慮序列方向問(wèn)題。

操作也比較簡(jiǎn)單，左側(cè)工具條最下方的按鈕就是序列比對(duì)，點(diǎn)擊后導(dǎo)入需要比對(duì)的序列即可。比對(duì)結(jié)果中比對(duì)不上的地方用紅色標(biāo)注。

另外SnapGene也支持測(cè)序文件導(dǎo)入(.abi文件)，例如我們先打開(kāi)一個(gè)參考序列，再通過(guò)序列比對(duì)按鈕將需要比對(duì)的測(cè)序文件都打開(kāi)，就能獲得多序列比對(duì)的結(jié)果，點(diǎn)擊左側(cè)序列則能直接查看峰圖，非常方便。

SnapGene軟件特色

1、為學(xué)生，博士后和技術(shù)人員帶來(lái)的好處

工作更快，更聰明

SnapGene 使您的 DNA 操作易于可視化和模擬，并在錯(cuò)誤發(fā)生之前提醒您。

保持記錄不費(fèi)吹灰之力

SnapGene 中的每個(gè) DNA 操作都會(huì)自動(dòng)記錄，因此您可以準(zhǔn)確地看到您所做的操作并檢索祖先結(jié)構(gòu)的序列。

隨時(shí)隨地學(xué)習(xí)

如果您不熟悉克隆或特定技術(shù)，豐富直觀的 SnapGene 界面可幫助您了解其工作原理。

輕松與世界各地的同事共享數(shù)據(jù)

SnapGene 的 .dna 文件可以通過(guò)免費(fèi)的跨平臺(tái) SnapGene Viewer 打開(kāi)，使您能夠與同事共享豐富的帶注釋的地圖和序列。

2、PI 和實(shí)驗(yàn)室管理器的好處

更快地獲得結(jié)果

實(shí)驗(yàn)室中的人員將不再使用有缺陷的克隆程序浪費(fèi)時(shí)間，并將在第一時(shí)間開(kāi)始獲得正確的構(gòu)造。

花更少的時(shí)間教人們?nèi)绾慰寺?/p>

SnapGene 是一個(gè)很好的教學(xué)工具，甚至新手克隆人也會(huì)很快學(xué)會(huì)如何自己解決問(wèn)題。

存錢(qián)

即使是有經(jīng)驗(yàn)的科學(xué)家也會(huì)犯錯(cuò) 通常，至少 10% 的程序由于計(jì)劃錯(cuò)誤而失敗，從而導(dǎo)致浪費(fèi)時(shí)間和材料。使用 SnapGene 可以防止這些損失，SnapGene 將多次收回成本。

保持更好的實(shí)驗(yàn)室記錄

SnapGene 自動(dòng)生成每個(gè)序列編輯和克隆過(guò)程的記錄，因此即使在實(shí)驗(yàn)室成員離開(kāi)后，您也不會(huì)忘記構(gòu)造的構(gòu)建方式。

3、IT 部門(mén)的好處

您可以在整個(gè)站點(diǎn)范圍內(nèi)實(shí)施我們靈活的許可選項(xiàng)，也可以從小規(guī)模開(kāi)始實(shí)施，并以可訪問(wèn)的價(jià)格增長(zhǎng)。

4、對(duì)行業(yè)的好處

操作快點(diǎn)

借助 SnapGene 直觀的用戶體驗(yàn)，強(qiáng)大的可視化和仿真工具以及錯(cuò)誤預(yù)防功能，您公司的研發(fā)工作將更快地進(jìn)行。

保持記錄不費(fèi)吹灰之力

SnapGene 自動(dòng)生成每個(gè)序列編輯和克隆過(guò)程的豐富圖形歷史記錄，因此您永遠(yuǎn)不會(huì)忘記構(gòu)造的構(gòu)建方式。

獲得您現(xiàn)在和將來(lái)所需的功能

SnapGene 正在積極開(kāi)發(fā)中，由工作科學(xué)家設(shè)計(jì)。我們不斷發(fā)布新功能和增強(qiáng)功能，并根據(jù)客戶反饋確定優(yōu)先級(jí)。

擁有您的數(shù)據(jù)并保護(hù)您的 IP

SnapGene 不會(huì)將您鎖定到特定的文件格式或數(shù)據(jù)存儲(chǔ)位置，因此您始終可以控制數(shù)據(jù)。桌面許可方法可確保您的數(shù)據(jù)在公司防火墻和公司硬件之后的安全。

無(wú)縫實(shí)施

SnapGene 支持大量文件格式。因此，您的科學(xué)家可以完全切換到 SnapGene 而不會(huì)丟失數(shù)據(jù)，或者可以繼續(xù)使用遺留軟件和 SnapGene 而不會(huì)發(fā)生沖突。

SnapGene功能介紹

1、In-Fusion 克隆

Clontech 的 In-Fusion 克隆技術(shù)是創(chuàng)建無(wú)縫基因融合的一種非常通用的方法。 SnapGene 是第一個(gè)模擬此程序的軟件。 只需選擇您想要融合的 DNA 片段，SnapGene 即可設(shè)計(jì)引物。

2、Gibson Assembly

許多研究人員轉(zhuǎn)向 Gibson 組裝，在不使用限制性酶的情況下將片段插入質(zhì)粒中。待連接的 DNA 片段通過(guò) PCR 擴(kuò)增以產(chǎn)生重疊的末端。SnapGene 簡(jiǎn)化了Gibson組裝反應(yīng)的計(jì)劃，并自動(dòng)化了引物設(shè)計(jì)。

3、限制性克隆

SnapGene 獨(dú)特的限制克隆界面以干凈的布局顯示您需要的信息?？寺〕绦虻囊?guī)劃從來(lái)沒(méi)有這么簡(jiǎn)單過(guò)。如果你已經(jīng)知道你想做什么，克隆模擬只需要幾秒鐘。如果克隆過(guò)程存在設(shè)計(jì)缺陷，則可以在模擬過(guò)程中捕獲并糾正錯(cuò)誤。

4、聚合酶鏈反應(yīng)與誘變

設(shè)計(jì)引物后，它們可以用來(lái)模擬常規(guī) PCR、重疊延伸 PCR 或誘變。得到的DNA序列文件可立即用于進(jìn)一步操作。與限制克隆界面一樣，以引物為中心的界面以直觀的方式顯示關(guān)鍵信息。

5、自動(dòng)保存

SnapGene 最令人驚訝的是它自動(dòng)記錄了克隆項(xiàng)目中的步驟。每次編輯序列或模擬克隆、PCR 或誘變時(shí)，程序都會(huì)自動(dòng)記錄在圖形歷史中。在模擬 DNA 構(gòu)建體的創(chuàng)建之后，您可以使用歷史作為實(shí)驗(yàn)方案。

6、瓊脂糖凝膠電泳

napGene 使用一種先進(jìn)的算法來(lái)創(chuàng)建真實(shí)的瓊脂糖凝膠模擬。限制性片段以三種形式顯示:模擬凝膠、數(shù)值列表和序列圖。您可以使用模擬凝膠計(jì)劃診斷限制摘要，或?qū)?shí)際凝膠圖像與預(yù)測(cè)模式進(jìn)行比較。

7、酶位點(diǎn)

SnapGene 以清晰的方式突出限制位點(diǎn)，自動(dòng)標(biāo)記甲基化阻斷的位點(diǎn)。簡(jiǎn)單的控制可以讓你選擇有用的酶組，比如“獨(dú)特的切割器”，或者定義自定義酶組和首選供應(yīng)商。信息工具提示提供關(guān)鍵數(shù)據(jù)。“限制酶”窗口顯示了數(shù)百種商用酶的詳細(xì)特性。